Fondée en 1150 par un groupe de moines cisterciens venus de Berdoues, elle connut une forte expansion qui dura près de trois siècles. Les Cisterciens étaient maîtres dans l’art de cultiver la terre. Ils furent les premiers à généraliser les charrues tractées par des animaux et étudièrent la fertilisation des sols avec des engrais naturels.
À son apogée l’abbaye cistercienne, dite de la Clarté Dieu, était à la tête de près de 4 000 hectares , soit environ 3 fois la superficie actuelle de la commune, et de nombreux biens tels que moulins, fours à pain, assortis de droits féodaux y afférents.
La décision papale de 1503 de transformer les églises abbatiales en églises paroissiales et celle du Roi de France de désigner désormais les abbés, dits commendataires, marquèrent le déclin de la Clarté de Dieu ; tant en ce qui concerne l’atteinte à l’intégrité de l’architecture, qu’en ce qui concerne le bon fonctionnement financier de la communauté.
Devenue à la révolution bien privé, après avoir été vendue aux enchères, la propriété des moines redevint propriété du clergé à la suite d’un héritage.
Puis en 1989, l’Abbaye fut rachetée par la municipalité qui a aménagé le parc et l’a ouvert au public. Elle est depuis réhabilitée et accueille la Médiathèque municipale « Marie de France ».
Depuis l’acquisition du couvent par la Mairie, des travaux importants de réhabilitation ont été successivement effectués (consolidation des contreforts, restauration des façades, travaux intérieurs, aménagement de la médiathèque).
L’église du monastère d’ Eaunes était d’une ampleur que, ni la communauté résidente, ni la population environnante n’ont jamais justifiée. Seule l’envergure du projet cistercien peut permettre de comprendre l’ambition des constructeurs. Le faible taux d’occupation de l’église et les difficultés de tous ordres rencontrés par la communauté ont fait que dès le XVIIe siècle, l’église a été raccourcie : un mur a été édifié, séparant le corps principal de l’église des quatre travées de la nef. Ces dernières ont été affectées à usage agricole, tandis que l’église reprenait une échelle davantage en rapport avec son utilisation. Les travées seront démolies en 1802.
En 1856, la construction d'un clocher d'un tout autre style. L'ancien transept devient la nef principale, l'ancien chevet une simple chapelle. Une cloche datant de 1688 sera classée monument historique par arrêté ministériel du 27 avril 1926;
En 1976, le clocher devenu dangereux est démoli et les cloches transférées à la petite chapelle d'Eaunes.
Les transformations des bâtiments n’ont pas été sans lien avec les vicissitudes de la vie du monastère. Les nombreux legs et dons des premiers temps ont entraîné une rapide prospérité et permis de viser grand dans les projets.
L’apogée de l’abbaye semble être située vers le milieu du XVIe siècle, période où les terres régies par l’abbaye s’étendaient sur de vastes territoires de près de 4 000 hectares, dont les moines percevaient les bénéfices.
Un premier déclin au début du XVIIe siècle s’est soldé par des ventes de terres et diverses restrictions, notamment la diminution de la surface de l’église, amputée de près de la moitié.
Un vaste projet de restauration de l’église a été rendu possible vers 1661, grâce à la générosité de l’abbé Barthélemy de Grammont, conseiller au parlement de Toulouse, devenu prieur d’ Eaunes en 1637. Cet abbé a consacré toute sa fortune à la restauration de l’édifice. Sa dalle funéraire fut classée monument historique par arrêté du 30 octobre 1914.
En 1778, un arrêt du Conseil du Roi LOUIS XVI sépare le territoire d' Eaunes et le Consulat de Muret afin de faire cesser la querelle qui dure depuis plusieurs siècles au sujet de l'exercice des droits de justice. De ce moment date la commune d' Eaunes en tant que division administrative distincte. Le 9 Juillet 1785, Joseph de Cambon , neveu de l'évêque de Mirepoix et frère du premier président au parlement de Toulouse sera le dernier possesseur de l'Abbaye.
Au cours de la nuit du 4 août 1789 sont abolies les féodalités et droits féodaux, les privilèges des nobles, les distinctions sociales et appellations particulières, et les privilèges du clergé. La révolution prend ainsi un tournant anticlérical et le 2 novembre 1789, l’assemblée Nationale déclare que les biens du clergé sont désormais à la disposition de la nation. Le 13 février 1790, elle décrète la suppression des vœux monastiques et le 12 juillet suivant, elle supprime les chapitres, abbayes, prieurs, chapelles et bénéfices.
L’année 1790 a vu la fin de l’abbaye de la Clarté Dieu, la dispersion des religieux et la liquidation des biens, par la vente des terres, des immeubles.
Le domaine sauf l'église fût vendu comme bien national en 1796 à monsieur Jean-joseph Janole, accusateur public près du tribunal criminel de Toulouse, pour la somme de 30 164 Livres. Une grande partie payable en mandats territoriaux qui n’ont jamais été acquittés…
L’église devient propriété de la commune d'Eaunes le 09 Décembre 1905.
Les difficultés financières du village de l'époque n'ont pas permis l'entretien régulier des bâtiments originaux, ceux-ci avaient subi de nombreuses transformations et l'érosion du temps. Ce qui explique l'état actuel des lieux.
Les ruines qui s’offrent au regard, impressionnent plus par l’ampleur de l’édifice que l’on subodore que par l’état de conservation des lieux. Ce sont les murs du transept d’origine que l’on aperçoit.
Aucune trace de la nef qui comportait cinq travées avec bas-côtés latéraux.
Une voûte croisée d’ogives surmontait la nef et le transept, une vaste coupole de 9 mètres de diamètre couronnait l’édifice. La hardiesse de cette construction a très vite entraîné de sérieux désordres et la coupole a du être démolie en 1661.
L’édifice réalisé à cette époque adoptait la disposition des églises en croix latine, le chevet orienté vers l’est
